Paint.NET heeft een rijk arsenaal aan gereedschappen en speciale effecten ter beschikking om foto's te bewerken. Ook maakt het fotobewerkingsprogramma gebruik van lagen en is de undo-history onbeperkt. Paint.NET is een complete foto editor die afbeeldingen kan roteren, verkleinen en vergroten en uitsnijden. Ook kunnen kleur en helderheid natuurlijk aangepast worden. Verder kunnen met Paint.NET meerdere lagen worden toegevoegd en heeft het programma tientallen effecten tot zijn beschikking, zoals Sepia, olieverf en distortion.